Referentspopulatsiooni suurus

Võimalikult suurt referentspopulatsiooni (tuhanded järglaste järgi hinnatud ja genotüpiseeritud pullid) on vaja, omistamaks kõigile markeralleelidele võimalikult täpselt mingit arvulist efekti.

Näiteks soovides 20 000 pulli aretusväärtuse alusel hinnata 50 000 geneetilise markeri efekti, on ilmselgelt tegu üheselt mittelahenduva ülesandega.
Reaalsuses on ülesanne lahendatav üksnes väga keerukate matemaatiliste mudelite abil ja sedagi vaid tänu sellele, et enamus loomi on enamuste markeralleelide poolest ühesugused.

Võimalikult suure ning võimalikult täpsete fenotüübi-, põlvnemis- ja genotüübiandmetega ning aretusväärtustega referentspopulatsiooni olemasolu on siiski peamine tingimus genoomselektsiooni rakendamiseks.

Mida madalam on huvipakkuva tunnuse päritavus, seda suuremat referentspopulatsiooni on geneetiliste markerite mõjude hindamiseks vaja. Seega on sageli madalama päritavusega sigimis- ja tervisenäitajate geneetilisel hindamisel referentspopulatsiooni kvaliteet veelgi määravama tähtsusega, võrreldes toodangunäitajate geneetilise hindamisega.

Referentspopulatsioon ning selle baasil hinnatud seosed genotüübiandmetega ei ole mingid lõplikud suurused. Tänu populatsiooni struktuuri ja genoomi osade vaheliste seoste muutumisele ajas on korrektsete genoomaretusväärtuste saamiseks vajalik geneetiliste markerite paneeli ja loomade aretusväärtuste vaheliste seoste ümberhindamine iga paari generatsiooni järel. Lisaks tuleb kogu töö teha uuesti uue markerite paneeli kasutuselevõtu korral.