Õpiobjektid -> Indiviidide vaheline aditiivgeneetiline sugulus


INDIVIIDIDE VAHELINE ADITIIVGENEETILINE SUGULUS


ÕPIOBJEKTI KIRJELDUS SUGULUS-
KOEFITSIENTIDE
OLEMUS
WRIGHT'I RAJAKOEFITSIENTIDE MEETOD HENDERSONI MEETOD TARKVARA
Pedigree Viewer
ÜLESANDED SISUKORD

SUGULUSKOEFITSIENTIDE OLEMUS -> SISSEJUHATUS

Meeldib see meile või mitte, aga sugulased on omavahel sageli teatud määral sarnased. Üks loomulik põhjendus sellisele fenotüübilisele sarnasusele on muidugi sugulaste sarnasemad genotüübid1. Et vanemailt järglastele päranduvad vaid üksikalleelid, siis saab ka sarnasus väljenduda eelkõige üksikute alleelide summaarse e aditiivse efekti näol, mistõttu mõistetakse indiviididevahelise geneetilise sarnasuse all enamasti just nende aditiivgeneetilist sugulust2.

Kahe indiviidi mingid geenid (alleelid) võivad olla identsed kahel põhjusel: esiteks võib tegu olla lihtsalt juhusliku samasusega (no palju seal populatsioonis ikka neid erinevaid alleele esineb - näiteks kahe juhuslikult valitud inimese DNA erineb keskmiselt vaid 0,2% ulatuses) ja teiseks võib tegu olla ühiselt eellaselt ühes tükis pärandunud nukleotiidide järjestusega. Geneetikas tehakse neil kahel põhjusel rangelt vahet.

Alleele, mis on oma keemiliselt olemuselt identsed, aga mis ei ei pruugi olla sama eellasalleeli koopiad, nimetatakse olemuselt identseteks (identical-by-state, IBS).

Alleele, mis on ühise eellase ühe konkreetse alleeli keemilised koopiad, nimetatakse päritolult identseteks (identical-by-descent, IBD).

1 Lisaks elavad sugulased suurema tõenäosusega sarnastes keskkonnatingimustes, neil võib olla sama kultuuriline taust jne.

2 Lähisugulaste puhul on võimalik nende sugulust lisaks üksikute geenide summaarsele toimele kirjeldada ka geenide koosmõju (dominantsi- ja epistaasiefektid) kaudu, aga et taolised geenide interaktsioonid ei leia oma teisejärgulise mõju ja kommertsrakendustega (jõudluskontroll jmt) raskesti inkorporeeritavuse tõttu väljaspool teadusuuringuid laialdast kasutust, on need välja jäetud ka käesolevast konspektist.


Näide. Olgu kolmes perekonnas (isa, ema ja 2 last), kus eelaste kohta midagi teada ei ole, genotüüp määratud ühe markerlookuse osas. Alleelid vaadeldavas lookuses on tähistatud numbritega 1, 2 ja 3 ning perekonnad (a), (b) ja (c). Päritolult identsete (IBD) ja olemuselt identsete (IBS) alleelide arvud on toodud iga perekonna all.

Perekonna (a) puhul on mõlema haplotüübi pärandumine üheselt tuvastatav - alleel 3 järglaste genotüübis saab olla pärit vaid emalt, mistõttu peab alleel 1 mõlemal järglasel olema saadud isalt, ning kokkuvõttes seega IBS=IBD=2.

Perekonna (b) puhul on samuti haplotüüpide pärandumine üheselt tuvastatav, Mõlemal järglasel on üks olemuselt identne alleel (1), aga et see alleel on saadud erinevatel vanematelt, kes eeldatakse suguluses mitteolevaiks, siis IBD=0.

Perekonnas (c) on mõlemad järglased uuritud lookuse suhtes geneetiliselt identsed, st IBS=2, samas ei ole aga võimalik tuvastada alleelide täpset pärandumist, st et võrdse tõenäosusega (Mendeli seaduste kohaselt) jagavad kaks järglast kas kahte või mitte ühtegi päritolult identset alleeli.


Toodud definitsioonidest järeldub, et kõik IBD-alleelid on ka IBS, aga mitte vastupidi. Genotüüpide sarnasuse defineerimisel võetakse aluseks just päritolult identsed alleelid. Viimaste esinemistõenäosused on leitavad klassikaliste tõenäosusteooria seaduspärade kohaselt, tuginedes teadaolevatele põlvnemisseostele ning eeldades Mendeli pärandumisseaduste kehtimist.

 

[¤] Sissejuhatus

[¤] Malécot'i suguluskoefitsient

[¤] Wright'i suguluskoefitsient

[¤] Inbriidingukoefitsient