PÕLVNEMISANDMETE
HALDAMISE JA ANALÜÜSIMISE TARKVARA Pedigree Viewer
Internetis
leidub mitmeid raha eest või suisa tasuta allalaaditavaid
põlvnemisandmete haldamiseks, graafiliseks esitamiseks
ja analüüsimiseks mõeldud arvutiprogramme. Ühe
eelkõige loomade aretust silmas pidava programmi (mis siiski
on rakendatav ka teiste eluvormide põlvnemisandmetel) on
kirjutanud Austraalias töötav kvantitatiivse geneetika
professor Brian Kinghorn. See programm, mis kannab nime Pedigree
Viewer ja on tasuta allalaaditav aadressilt
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm,
võimaldab
väga mitmekülgselt hallata ja ekraanil esitada nii suuri
kui ka väikeseid sugupuid, arvutada nii inbriidingu- kui
ka suguluskoefitsiente ja hinnata dispersioonanalüüsi
segamudelite abil aretusväärtuseid. Programmi uus versioon
pakub lisaks võimalusi paaride valikuks. Programmiga kaasneb
lühike ja küllalt selge abifail (Joonis 1) ja mitmed
näiteandmestikud, mille abil programmi võimalustega
iseseisvalt tutvuda.
Joonis
1. Programmi Pedigree Viewer abifail.
Programmi
tööks vajalik tabel peab kindlasti sisaldama kolme veergu
järjekorras:
'Indiviid'
| 'Isa' | 'Ema',
millele võivad
järgneda veel täiendavad uuritavaid indiviide iseloomustavad
näitajad (sugu, vanus, pikkus jne). Indiviidid, isad ja emad
peavad olema üheselt identifitseeritavad kas siis nime, numbri
või mingi koodi alusel. Ridade (indiviidide) järjekord
andmetabelis on vaba, genealoogiline järjestus ei ole vajalik,
selle paneb paika Pedigree Viewer ise. Pedigree Viewer'is
avatav andmetabel peab enesest kujutama fikseeritud veergude eraldajaga
(koma, tühik jne) tekstifaili, milles kümnendkohtade
eraldajana on kasutatud punkti ja mille nime laiend peab olema
'ped', 'txt' või 'dat' - näiteks sobib Excel'is
tekstifailina salvestatud andmetabel. Ka programmi töö
tulemusena modifitseeritud (genealoogiliselt järjestatud,
inbriidingukoefitsientidega ja/või aretusväärtustega
täiendatud) sugupuu on salvestav analoogse tekstifailina
(ja on soovikorral avatav näiteks Excel'is).
Teadmata emade
ja isade tähisena kasutab Pedigree Viewer vaikimisi
arvu 0, muude tunnuste (fenotüübiväärtused
jmt) korral on teadmata väärtuste vaikimisi tähiseks
-999999 (Joonis 2 [a]). Enamasti on aktsepteeritav ka teadmata
väärtustele vastavate lahtrite lihtsalt tühjaks
jätmine (Joonis 2 [b]), aga taoliselt vormindatud ja samas
veergude eraldajana samuti tühikuid kasutavate andmetabelite
Pedigree Viewer'isse sisselugemine võib lõppeda
veateatega ...
Joonis
2. Andmetabeli vormindamine Pedigree Viewer'i tarvis.
Indiviide,
kelle mõlemad vanemad on teadmata ja kelle kohta ei ole
teada ka fenotüübiväärtusi (loomad 1 ja 5
joonisel 2 toodud tabeleis), ei ole vaja algandmeis eraldi ridadesse
kirjutada, Pedigree Viewer tekitab üksnes isana või
emana esinevatele indiviidele (baasloomadele) vastavad read tabelisse
ise.
Pedigree
Viewer järjestab avatavas andmetabelis sisalduvad indiviidid
genealoogiliselt (nii, et vanemad paiknevad eespool järglasi),
jagab nad generatsioonidesse ja kujutab sugupuud skemaatiliselt
(Joonis 3).
Joonis
3. Programmi Pedigree Viewer ekraanipilt.
Lühikokkuvõte
nii kogu sugupuu kui ka üksikute generatsioonide kohta on
tellitav menüüst View -> Statistics.
Suurte sugupuude
korral sageli esineda võivate vigade (sama loom esineb
sugupuus mitu korda ja seejuures erineva(te) vanema(te)ga või
esineb mõni loom nii isade kui ka emade veerus) kontrollimiseks
on menüüs Tools käsud Check for dublicate
IDs ja Check for bisexuality.
Menüürea
all paikneva nupurea (Joonis 4) abil on võimalik muuta
sugupuu paigutust ekraanil, värvipaletti (teksti, joonte
ja tausta värvi, ja seda eraldi ekraanil kuvamiseks ja välja
trükkimiseks), teksti fondi suurust ning vanemaid ja järglasi
ühendavate joonte kuju ( ).
Joonis
4. Programmi Pedigree Viewer nupuriba.
Üksiku
indiviidi ja tema sugulaste selekteerimiseks sugupuust on lihtsaim
viis klikkida hiire parempoolse klahviga soovitul (kuvatakse valitud
indiviid koos ühe põlvkonna vanemate ja järglastega).
Kombineerides omavahel klaviatuuri klahve 'Ctrl', 'Shift' ja 'Alt'
ning hiire parem- ja vasakpoolset klahvi, on võimalik ekraanil
kuvada ühe või mitme indiviidi erineva taseme sugulasi.
Selekteeritud indiviidi vanemate, järglaste või erineva
taseme sugulaste kuvamiseks vajalikud käsud on valitavad
ka menüüst View -> Relatives (Joonis
5).
Joonis
5. Selekteeritud looma(de) erineva taseme sugulaste kuvamine menüükäskude
abil.
Suurte sugupuude
puhul, kui andmeid on konkreetse indiviidi hiirega klikkides valimiseks
liiga palju, on alternatiivina võimalik sisse lülitada
funktsioon, mis tõstab esile parajasti hiire kursoriga
üle libistatava indiviidi nime või koodi (Tools
-> Highlight target).
Lisaks on
võimalik lasta ka programmil enesel üles otsida teatud
tingimusi rahuldavad indiviidid (Tools -> Find
või nupp  ,
vt Joonis 6).
Joonis
6. Huvipakkuvate (konkreetse nimega, sünniaastaga, sooga,
inbriidingukoefitsiendi väärtusega jne) indiviidide
otsimise aken programmis Pedigree Viewer.
Võimalik
on teatud osa sugupuust suuremana kuvamine (Tools ->
Zoom In või  ),
kogu sugupuu uuesti korraga ekraanile mahutamiseks tuleb klõpsata
nupul  (või
Tools -> Zoom Out).
Samuti võib
iga indiviidi juurde lisaks vaikimisi kuvatavale nimele või
koodile (või hoopis selle asemel) kirjutada mõne
teise andmestikus sisalduva väärtuse (näiteks võib
skeemil kuvada iga indiviidi juures tema isa või sugu,
kui viimane on andmestikus olemas; View -> Display
Fields või  ).
Väga
kasulik on kas siis kogu sugupuu või sellest välja
valitud väiksema osa optimeerimise ehk nn korrastamise võimalus
nupu  abil (Joonis
7). Uuesti kogu sugupuu ekraanil kuvamiseks tuleb klõpsata
nuppu  .
Joonis
7. Esialgne ja korrastatud sugupuu Pedigree Viewer's.
Valmis kujundatud
sugupuu või osa sellest on võimalik salvestada pildifailina
bmp-formaadis (Fail -> Save image of pedigree diagram).
Võttes
arvesse kogu sugupuu andmed on võimalik välja arvutada
mistahes kahe indiviidi vaheline Malécot'i suguluskoefitsient
(Tools -> Coancestry; Joonis 8), kõigi
indiviidide inbriidingukoefitsiendid (Tools -> Inbreeding
Coefficients) ning aretusväärtused andmestikus sisalduvatele
arvulistele tunnustele (Tools -> Run BLUP Analysis).
Nii aretusväärtused kui ka inbriidingukoefitsiendid
lisatakse eraldi veergudena sugupuu aluseks olevasse andmetabelisse
ning on seeläbi kuvatavad sugupuus ekraanil ()
ja kasutatavad otsingus ().
Joonis
8. Indiviidide vahelise suguluskoefitsiendi arvutamise aken.
NB1! Nupul
klikkimise järgselt loeb Pedigree Viewer andmed uuesti
sisse algandmete tabelist, kaotades sellega ära kord juba
leitud inbriidingukoefitsientide väärtused ja aretusväärtuste
hinnangud, mis tuleb siis vajadusel uuesti leida.
NB2!
Pedigree Viewer'i poolt leitav suguluskoefitsient on Malécot'i
suguluskoefitsient, aditiivgeneetilise
suguluse kordaja võrdub selle kahekordse väärtusega.
|
