Aeg, koht: 3.03.2009, 8¹⁵-...; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal: pt1_2008.pdf (sisaldab pisut enam, kui selle kursuse raames vaja).
Praktikumi materjal: maatriks_excelis.pdf.
Iseseisvad ülesanded: ülesanded 1, 3, 5 ja 9 loengumaterjali lõpus.
 

Aeg, koht: 12.02.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine. Ülevaade lineaarsete mudelite teooriast – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid, fikseeritud ja juhuslikud efektid ning mudelid.
Loengumaterjal: pt2_2008.pdf ja pt3_2008.pdf (esimesed 5 lk).
 

Aeg, koht: 19.02.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Üldine lineaarne mudel (ÜLM) maatrikskujul, plaanimaatriksid, mudelite keskväärtused ja kovariatsioonistruktuur.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Iseseisvad ülesanded: ülesanne 1 loengumaterjali lõpus.
 

Aeg, koht: 25.02.2008, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Mudelite keskväärtused ja kovariatsioonistruktuur. Reparametriseerimine. Fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste hindamine.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada Excelis läbi loengu näiteandmestik;

• salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide.xls;

• konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X (pt 3.5.3 loengumaterjalides) käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;

• leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele (valem 3.13 – b = (X^TX)^-1X^Ty ) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite lahendust/kommentaare loengumaterjalides);

• Oma arvutuste õigsust võid kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
  ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada, vt: GLM_naide_lahendatud.xls

Iseseisvad ülesanded: ülesanded 2 ja 3 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisvate ülesannete tarvis: GLM_ise.xls.
 

Aeg, koht: 4.03.2008, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine:

• konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust pidevana;

• leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele ja diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised (vt ka näitete lahendust/kommentaare loengumaterjalides, pt 3.6.3);

• konstrueeri täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena (ema vanust arvestada pideva faktorina) – pt 3.7;

• võta päritavus h²=0,2 ja leia viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist (valem 3.23); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?

• Oma arvutuste õigsust võid kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
  ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada,vt: GLM_naide_lahendatud.xls

Iseseisvad ülesanded: ülesanded 4 ja 5 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisva ülesande tarvis: GLM_ise.xls.
 

Aeg, koht: 11.03.2008, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Üldine lineaarne segamudel, kui jääb eelnevalt miskit segaseks .... Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
Loengumaterjal: pt4_2008.pdf.
 

Aeg, koht: 18.03.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Indiviididevaheline sugulus – Malecot'i ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
Loengumaterjal: pt5_2008.pdf.
Iseseisvad ülesanded: loengumaterjali lõpus.
 

Aeg, koht: 25.03.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal: pt5_2008.pdf.

Praktikumi materjal:
Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed: pjetraan.ped, p00_12pk.ped, esthobu1.ped.

 

Aeg, koht: 1.04.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal: pt5_2008.pdf.

Praktikumi materjal:
Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed: pjetraan.ped, p00_12pk.ped, esthobu1.ped.

 

Aeg, koht: 8.04.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal: pt6_2008.pdf.

Praktikumi tarkvara: stselind_est.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanne on loengumaterjali lõpus (Pt 6.6), andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls.
 

Aeg, koht: 15.04.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
Loengumaterjal: pt7_2008_osa1.pdf

Praktikumi tarkvara: Exceli makrod isa ja looma mudeli rakendamiseks: SAMod_1c.xls.
 

Aeg, koht: 22.04.2009 (auditoorset õppetööd ei toimu!).
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel – emapoolse efektiga mudelid, longituudmudelid, mitmemõõtmelised mudelid..
Loengumaterjal: pt7_2009_osa2.pdf.
 

Aeg, koht: 29.04.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel.
Loengumaterjal: pt7_2009_osa2.pdf (ei jõudnud valmis, selle asemel vt aastate tagust kirjutist "Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest").

Praktikumi materjal:
Tarkvara: VCE - http://vce.tzv.fal.de/
Andmed: http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/.
 

Aeg, koht: 6.05.2009, 12¹⁵-15; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Selektsiooni edu hindamine ja seda mõjutavad tegurid, sh sõltuvus aretusprogrammist. Erinevate loomaliikide puhul kasutatavad aretusprogrammid.
Loengumaterjal: aretuspr_einarorgmets2004.pdf.

Praktikumi tarkvara: GENUP - http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/genup.htm.