Kui laps sarnaneb isaga, on tegemist pärilikkusega.
Kui ta sarnaneb naabrimehega, on tegemist väliskeskkonna mõjudega.
 Murphy seadus pärilikkuse kohta

Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid

Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]

(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester 2012; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
Üldjutt

Loengud & praktikumid

Eksam Lingid & kirjandus Tarkvara

   

  1. Aeg, koht: 2.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus ainesse - aretusprogramm, aretusväärtus. Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted.
    Loengumaterjal: pt1_2012.pdf (tärnita punktid).
     

  2. Aeg, koht: 3.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1_2012.pdf (tärnita punktid).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  3. Aeg, koht: 9.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1_2012.pdf (tärnita punktid).
    Praktikumiülesanded: pt1_2012_prax.pdf (vastuste ja lahenduste õigsust saate soovi korral kontrollida loengumaterjali lõpust).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  4. Aeg, koht: 10.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
    Loengumaterjal: pt2_2012.pdf .
     

  5. Aeg, koht: 16.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
    Loengumaterjal: pt2_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt 2.5 loengumaterjali lõpus.
     

  6. Aeg, koht: 17.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt3_2012.pdf .
     

  7. Aeg, koht: 23.02.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt3_2012.pdf .
     

  8. Aeg, koht: 24.02.2012. Auditoorset õppetööd ei toimu.
    Sisu:     Triigi kodus lipp ära ja mine suusatama (26.02.2012 toimub järjekordne Maaülikooli maraton :).

  9. Aeg, koht: 1.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt3_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_2012_prax.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  10. Aeg, koht: 2.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt3_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_2012_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  11. Aeg, koht: 8.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt3_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_2012_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  12. Aeg, koht: 9.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
    Loengumaterjal: pt4_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  13. Aeg, koht: 15.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
    Loengumaterjal: pt4_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  14. Aeg, koht: 16.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5_2012.pdf .

Teisipäeval, 20. märtsil kell 12.00 (Kreutzwaldi 62, ruum A-201) kaitseb Sirje Värv väitekirja “Eesti piimaveisetõugude iseloomustamine geneetiliste markerite alusel” filosoofiadoktori kraadi taotlemiseks loomakasvatuse erialal.
Tegemist on esmakordse kompleksse uuringuga Eestis, kus Eesti tõuge on iseloomustatud samade biokeemiliste ja molekulaargeneetiliste markerite alusel ning võrreldud teiste Põhja-Euroopa ja Balti riikide tõugudega, et selgitada meie veisetõugude päritolu, sugulust ja geneetilist unikaalsust.
Doktoritöö oponendiks on dr Johannes Arjen Lenstra Utrechti Ülikoolist, kes on ülemaailmselt tunnustatud veiste ja lammaste diversiteediuurija.

Kolmapäeval, 21. märtsil kell 10.15 toimub dr Lenstra loeng teemal „Genome-wide analysis of the genetic diversity of sheep breeds around the world: history, conservation and selection“.
Loeng toimub aadressil Kreutzwaldi 62, ruumis A-209.
Dr Lenstra tutvustab esimese lammaste ülegenoomse uuringu käigus saadud tulemusi, mis publitseeriti 7. veebruaril 2012.
Artikliga saab tutvuda lingilt http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001258

  1. Aeg, koht: 22.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  2. Aeg, koht: 23.03.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5_2012.pdf .
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls .

29.03.2012 ja 30.03.2012 auditoorset õppetööd ei toimu!

Loengute asemel külastage konverentsi "Terve loom ja tervislik toit 2012" EMÜ peahoones Kreutzwaldi 1a.

Konverentsi kava

Registreerimine (kuni 20.03.2012)
(tasuta; samas, ega keegi ka registreerimata kuulajaid välja ei viska)

  1. Aeg, koht: 5.04.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid / Sissejuhatus üldiste lineaarsete mudelite teooriasse.
    Loengumaterjal: pt5_2012.pdf , pt6_2012.pdf.
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls .

  1. Aeg, koht: 12.04.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid. Üldise lineaarse mudeli esitused objektiviisi ja maatrikskujul, plaanimaatriksid.
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada Excelis läbi loengu näiteandmestik;

    • salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide_2012k.xls ;
    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X, käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena.

     

  2. Aeg, koht: 13.04.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – reparametriseerimine, fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste hindamine (BLUE).
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel korral alustatud ülesande lahendamine:

    • salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide_2012k.xls ;
    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X, käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena;
    • leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele (b = (XTX)-1XTy ) ja tee omale selgeks nende tähendus;
    • leia diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised, võrdle neid tavaliste aritmeetiliste keskmistega (vt ka näidete lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
       

  3. Aeg, koht: 19.04.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks.
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub varemalt alustatud ülesande lahendamine, andmestik GLM_naide_2012k.xls :

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena;
    • võta päritavuseks h2=0,2 ja leia viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist; mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
       

  4. Aeg, koht: 20.04.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Üldine lineaarne mudel.
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmestik iseseisva ülesande tarvis: GLM_ise.xls .
     

  5. Aeg, koht: 26.04.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf .
    Tarkvara: SAMod_1c.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  6. Aeg, koht: 27.04.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf .
    Tarkvara: SAMod_1c.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  7. Aeg, koht: 4.05.2012, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel.
    Loengumaterjal:
    Kaart, T. (2001). Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest. Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
    Kaart, T. (2011). Genoomselektsioon – kuidas ja milleks? Tõuloomakasvatus, 14(4), 18 - 20 [mitte eriti õnnestunud korrektuuri järgselt ajakirjas ilmunud artikli asemel soovitan lugeda algset versiooni: genoomselektsioon.pdf]
    Tarkvara: VCE     (http://vce.tzv.fal.de/)
    Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/, http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
     

  8. Aeg, koht: 11.05.2012, 915-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevate loomaliikide ja tõugude aretusprogrammid ning reaalne aretus-säilitustegevus (Eestis). !!! Ettekanded !!!
    Lingid:     http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091, http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116, ..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
    (vt "Linkide ja kirjanduse" lehte).
     

  9. Aeg, koht: 17.05.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevate loomaliikide ja tõugude aretus-säilitusprogrammid ja reaalne aretus-säilitustegevus Eestis.
    Lingid: http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091, http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116, ..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
    (vt "Linkide ja kirjanduse" lehte).
     

  10. Aeg, koht: 18.05.2012, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Viimane loeng    . Veel juttu erinevate loomaliiikide aretusprogrammidest (sead, veised). Kokkuvõtted. Juttu eksamist.
     


  11. NB!
    Iseseisvate ülesannete esitamise tähtaeg: esmaspäev, 21.05.2012 (kõik kodused ülesanded ühe dokumendina: ylesanded_2012.pdf).
     


  12. Eksam: reede, 25.05.2012, kell 10 (Kr. 62, B-213).