|
Loomade aretusväärtuse
hindamine ja aretusprogrammid
/ Estimation of breeding value and
breeding programmes /
EMÜ VL (LK) kraadiõppe tudengitele
(VL.0192; 4,5 AP; kevad
2008;
E) |
----- Sisukord -----
-
Loengute/praktikumide
temaatika, ajakava, viited materjalidele, õppejõud jne
-
Eksam (tingimused)
-
Kirjandus
-
Lingid
-----
Loengute/praktikumide ajakava, sisu, materjalid, ülesanded jm
-----
-
Aeg, koht:
29.01.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid,
põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal: pt1_2008.pdf
(sisaldab pisut enam, kui selle kursuse raames vaja).
Iseseisvad ülesanded: ülesanded 1, 3, 5 ja 9 loengumaterjali lõpus.
-
Aeg, koht:
5.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Matemaatiline
statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine. Ülevaade lineaarsete
mudelite teooriast – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi
mudelid, fikseeritud ja
juhuslikud efektid ning mudelid.
Loengumaterjal: pt2_2008.pdf
ja pt3_2008.pdf (esimesed 5
lk).
-
Aeg, koht:
12.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Üldine lineaarne mudel (ÜLM) maatrikskujul, plaanimaatriksid,
mudelite keskväärtused ja kovariatsioonistruktuur.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Iseseisvad ülesanded: ülesanded 1-2 loengumaterjali lõpus.
-
Aeg, koht:
19.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Reparametriseerimine. Fikseeritud efektide ja
vähimruutkeskmiste
hindamine.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada Excelis läbi
loengu näiteandmestik;
-
salvesta arvutisse
andmestik: GLM_naide.xls;
-
konstrueeri täisastakuga
mudelile vastav plaanimaatriks X (pt 3.5.3 loengumaterjalides)
käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;
-
leia vähimruutude hinnangud
mudeli parameetritele ( valem 3.13 – b = (XTX)-1XTy
) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite lahendust/kommentaare
loengumaterjalides);
-
konstrueeri täisastakuga
mudelile vastav plaanimaatriks X käsitledes kõiki faktoreid
fikseeritutena ja ema vanust pidevana;
-
leia vähimruutude hinnangud
mudeli parameetritele ja diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk
suurus') vähimruutkeskmised (vt ka näitete lahendust/kommentaare
loengumaterjalides, pt 3.6.3);
-
Oma arvutuste õigsust võid
kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada,
vt:
GLM_naide_lahendatud.xls
Iseseisvad
ülesanded: ülesanded 3 ja 4 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisvate
ülesannete tarvis: GLM_ise.xls.
-
Aeg, koht:
26.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: ÜLM
parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand
fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks.
Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel nädalal alustatud
ülesande lahendamine
-
konstrueeri täisastakuga
mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa
juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena (ema vanust
arvestada pideva faktorina) – pt 3.7;
-
võta päritavus h2=0,2
ja leia viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli
võrrandist (valem 3.23); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
-
Oma arvutuste õigsust võid
kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada,
vt:
GLM_naide_lahendatud.xls
Iseseisvad
ülesanded: ülesanne 5 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisva
ülesande tarvis: GLM_ise.xls.
-
Aeg, koht: 4.03.2008, 815-...;
Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Üldine lineaarne segamudel, kui jääb eelnevalt miskit segaseks
.... Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast --
geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus,
geneetiline korrelatsioon, korduvus. Indiviididevaheline sugulus --
Malecot'i ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i
ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
Loengumaterjal: pt4_2008.pdf,
pt5_2008.pdf.
-
Aeg, koht: 11.03.2008, 815-10,
Kreutzwaldi 1, 218; 1015-..., Kr.1, 217.
Sisu: Indiviididevaheline sugulus -- Malecot'i ja Wright’i
suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni
meetodid nende leidmiseks.
Loengumaterjal: pt5_2008.pdf.
Iseseisvad
ülesanded: Vt loengumaterjali lõppu.
-
Aeg, koht:
18.03.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Põlvnemisandmed ja suguluskoefitsiendid. Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal: pt5_2008.pdf,
pt6_2008.pdf.
Praktikumi materjal ja ülesanded 1:
Tarkvara: "Pedigree Viewer" --
http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed: pjetraan.ped,
p00_12pk.ped, esthobu1.ped
Praktikumi materjal ja ülesanded2:
Tarkvara: stselind_est.xls
-
Aeg, koht:
25.03.2008, 815-10; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Põlvnemisandmete haldamine, suguluskoefitsiendid
Tarkvara: "Pedigree Viewer"
Andmed: esthobu1.ped
-
Aeg, koht:
4.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal: pt6_2008.pdf.
Iseseisvad
ülesanded: ülesanne on loengumaterjali lõpus (Pt 6.6), andmed Exceli
tabelina on salvestavad siit:
hobu_index.xls.
-
Aeg, koht:
11.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
Loengumaterjal: pt71_2008.pdf.
-
Aeg, koht:
18.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
Loengumaterjal: pt71_2008.pdf.
Iseseisvad
ülesanded: Exceli makrod isa ja looma mudeli rakendamiseks:
SAMod_1c.xls.
-
Aeg, koht:
24.04.2008, 1215-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel – emapoolse
efektiga mudelid, longituudmudelid, mitmemõõtmelised mudelid.
Loengumaterjal: pt72_2008.pdf (ei jõudnud valmis); parema puudumisel
vt aastatetagust kirjutist
http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/ylevaade_mudeleist.pdf.
Andmed ja näiteprogrammid:
http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/ (VCE -
http://www.tzv.fal.de/~eg/)
http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
-
Aeg, koht:
25.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
Sisu: Selektsiooni edu hindamine ja seda
mõjutavad tegurid, sh sõltuvus aretusprogrammist. Erinevate loomaliikide
puhul kasutatavad aretusprogrammid.
Loengumaterjal:
aretuspr_einarorgmets2004.pdf.
Lingid:
-
Konsultatsioon: ??.05.2008
Kui kellelgi on ettepanekuid
aja suhtes, siis palun andku teada!
-----
Eksam -----
20. mai, 2008.a., alates 12-st
(tekitage ise järjekord, ~20 min vahedega;
kui kellelegi see aeg ei sobi, siis andku teada enesele sobivam aeg ...)
eksamikord-VL_0192-2008.pdf
(saab loodetavasti reedeks täiendatud
:)
saigi, esimene punkt, see iseseisev töö jäi ära.
----- Kirjandus
-----
(mis mul olemas)
-
M. Lynch, B. Walsh. 1998.
Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer Associates, Inc. (http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html)
-
Gianola, D., K. Hammond (Eds.)
1990. Advances in Statistical Methods for Genetic Improvement of Livestock.
Springer-Verlag, Berlin.
-
Henderson, C. R. 1984.
Applications of Linear Models in Animal Breeding. University of Guelph
Press, Guelph, Canada.
-
Mrode, R. A. 1996. Linear Models
for the Prediction of Animal Breeding Values. CAB International.
-----
Lingid
-----
Lingid geneetikast:
Lingid geneetilisest
statistikast (sh geneetiliste parameetrite hindamine, BLUP jne):
-
Dr. L. R. Schaeffer'i Guelphi Ülikoolis loetavate loengukursuste põhjalikud html- ja pdf-formaadis konspektid ("Quantitative
Genetics and Animal Models", "Estimation of Genetic Parameters") -
http://www.aps.uoguelph.ca/~lrs/Animals/;
-
Stephen D. Kachman, Associate
Professor Department of Biometry, Institute of Agriculture and Natural
Resources, University of Nebraska -- põhjalikud loengumaterjalid
lineaarsetest (sega)mudelitest, statistilisest genoomikast,
statistikameetoditest bioinformaatikas jne. -- http://statistics.unl.edu/faculty/steve/index.shtml;
-
Genetics and Analysis of
Quantitative Traits (M. Lynch'i ja B. Walsh'i suurepärasele raamatule
lisaks koostatud lehekülg, sisaldab loengumaterjale, ülesandeid, linke -
http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html;
-
Identifying and incorporating
genetic markers and major genes in animal breeding programs (B. Kinghorn'i
ja J. van der Werf'i 2000.a. Brasiilia-kursuse loengumaterjalid
pdf-formaadis) - http://www-personal.une.edu.au/~jvanderw/brazilcourse.html
(autorite kodulehtedelt võib leida veel hulga antud kursuse kontekstiga
ühtivaid loengumaterjale).
-
Genetic Evaluation and
Breeding program design - Lecture notes 2005 (Julius van der Werf, Karen
Marshall; University of New England) -
http://www-personal.une.edu.au/~jvanderw/422TOC.htm.
Lingid (bio)statistikast:
![](../geenitehn_stat_mudelid/getreader.gif)
tanel.kaart@emu.ee
http://www.emu.ee/~ktanel/kool_ja_too/
jaan., 2008
|