Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
/ Estimation of breeding value and breeding programmes /
EMÜ VL (LK) kraadiõppe tudengitele

(VL.0192; 4,5 AP; kevad 2008; E)
 

-----    Sisukord    -----

  1. Loengute/praktikumide temaatika, ajakava, viited materjalidele, õppejõud jne

  2. Eksam (tingimused)

  3. Kirjandus

  4. Lingid

-----    Loengute/praktikumide ajakava, sisu, materjalid, ülesanded jm    -----

  1. Aeg, koht: 29.01.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1_2008.pdf (sisaldab pisut enam, kui selle kursuse raames vaja).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded 1, 3, 5 ja 9 loengumaterjali lõpus.
     

  2. Aeg, koht: 5.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine. Ülevaade lineaarsete mudelite teooriast – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid, fikseeritud ja juhuslikud efektid ning mudelid.
    Loengumaterjal: pt2_2008.pdf ja pt3_2008.pdf (esimesed 5 lk).
     

  3. Aeg, koht: 12.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Üldine lineaarne mudel (ÜLM) maatrikskujul, plaanimaatriksid, mudelite keskväärtused ja kovariatsioonistruktuur.
    Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded 1-2 loengumaterjali lõpus.
     

  4. Aeg, koht: 19.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Reparametriseerimine. Fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste     hindamine.
    Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
    Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada Excelis läbi loengu näiteandmestik;
     

    • salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide.xls;
       

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X (pt 3.5.3 loengumaterjalides) käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;

    • leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele ( valem 3.13 – b = (XTX)-1XTy ) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite lahendust/kommentaare loengumaterjalides);
       

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust pidevana;

    • leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele ja diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised (vt ka näitete lahendust/kommentaare loengumaterjalides, pt 3.6.3);
       

    • Oma arvutuste õigsust võid kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
      ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada, vt: GLM_naide_lahendatud.xls

    Iseseisvad ülesanded: ülesanded 3 ja 4 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisvate ülesannete tarvis: GLM_ise.xls.
     

  5. Aeg, koht: 26.02.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu:     ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks.
    Loengumaterjal: pt3_2008.pdf.
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine
      

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena (ema vanust arvestada pideva faktorina) – pt 3.7;

    • võta päritavus h2=0,2 ja leia viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist (valem 3.23); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
       

    • Oma arvutuste õigsust võid kontrollida loengumaterjalides sisalduva näite alusel;
      ühe variandina, kuidas analüüsi Excelis üles ehitada ja teostada, vt: GLM_naide_lahendatud.xls

    Iseseisvad ülesanded: ülesanne 5 loengumaterjali lõpus; andmestik iseseisva ülesande tarvis: GLM_ise.xls.
     

  6. Aeg, koht: 4.03.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Üldine lineaarne segamudel, kui jääb eelnevalt miskit segaseks .... Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast -- geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus. Indiviididevaheline sugulus -- Malecot'i ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt4_2008.pdf, pt5_2008.pdf.
     

  7. Aeg, koht: 11.03.2008, 815-10, Kreutzwaldi 1, 218; 1015-..., Kr.1, 217.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus -- Malecot'i ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt5_2008.pdf.
    Iseseisvad ülesanded: Vt loengumaterjali lõppu.
     

  8. Aeg, koht: 18.03.2008, 815-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja suguluskoefitsiendid. Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal:  pt5_2008.pdf, pt6_2008.pdf.
     
    Praktikumi materjal ja ülesanded 1:
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped, p00_12pk.ped, esthobu1.ped
     
    Praktikumi materjal ja ülesanded2:
    Tarkvara: stselind_est.xls
       

  9. Aeg, koht: 25.03.2008, 815-10; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Põlvnemisandmete haldamine, suguluskoefitsiendid
    Tarkvara: "Pedigree Viewer"
    Andmed: esthobu1.ped
     

  10. Aeg, koht: 4.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt6_2008.pdf.
    Iseseisvad     ülesanded: ülesanne on loengumaterjali lõpus (Pt 6.6), andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls.
     

  11. Aeg, koht: 11.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2008.pdf.
          

  12. Aeg, koht: 18.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2008.pdf.
    Iseseisvad ülesanded: Exceli makrod isa ja looma mudeli rakendamiseks: SAMod_1c.xls.
     

  13. Aeg, koht: 24.04.2008, 1215-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel – emapoolse efektiga mudelid, longituudmudelid, mitmemõõtmelised mudelid.
    Loengumaterjal: pt72_2008.pdf (ei jõudnud valmis); parema puudumisel vt aastatetagust kirjutist     http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/ylevaade_mudeleist.pdf.
    Andmed ja näiteprogrammid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/ (VCE - http://www.tzv.fal.de/~eg/)
                                                    http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
     

  14. Aeg, koht: 25.04.2008, 915-...; Kreutzwaldi 1, 218.
    Sisu: Selektsiooni edu hindamine ja seda mõjutavad tegurid, sh sõltuvus aretusprogrammist. Erinevate loomaliikide puhul kasutatavad aretusprogrammid.
    Loengumaterjal: aretuspr_einarorgmets2004.pdf.
    Lingid:

  15. Konsultatsioon: ??.05.2008

Kui kellelgi on ettepanekuid aja suhtes, siis palun andku teada!
 

-----    Eksam    -----

20. mai, 2008.a., alates 12-st
(tekitage ise järjekord, ~20 min vahedega;
kui kellelegi see aeg ei sobi, siis andku teada enesele sobivam aeg ...)

eksamikord-VL_0192-2008.pdf
(saab loodetavasti reedeks täiendatud :)
saigi, esimene punkt, see iseseisev töö jäi ära.

-----    Kirjandus    -----
(mis mul olemas)

  • M. Lynch, B. Walsh. 1998. Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer Associates, Inc. (http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html)

  • Gianola, D., K. Hammond (Eds.) 1990. Advances in Statistical Methods for Genetic Improvement of Livestock. Springer-Verlag, Berlin.

  • Henderson, C. R. 1984. Applications of Linear Models in Animal Breeding. University of Guelph Press, Guelph, Canada.

  • Mrode, R. A. 1996. Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. CAB International.   

-----    Lingid    -----

Lingid geneetikast:

Lingid geneetilisest statistikast (sh geneetiliste parameetrite hindamine, BLUP jne):

  • Dr. L. R. Schaeffer'i Guelphi Ülikoolis loetavate loengukursuste põhjalikud html- ja pdf-formaadis konspektid ("Quantitative Genetics and Animal Models", "Estimation of Genetic Parameters") - http://www.aps.uoguelph.ca/~lrs/Animals/;
      

  • Stephen D. Kachman, Associate Professor Department of Biometry, Institute of Agriculture and Natural Resources, University of Nebraska -- põhjalikud loengumaterjalid lineaarsetest (sega)mudelitest, statistilisest genoomikast, statistikameetoditest bioinformaatikas jne. -- http://statistics.unl.edu/faculty/steve/index.shtml;
      

  • Genetics and Analysis of Quantitative Traits (M. Lynch'i ja B. Walsh'i suurepärasele raamatule lisaks koostatud lehekülg, sisaldab loengumaterjale, ülesandeid, linke - http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html;
      

  • Identifying and incorporating genetic markers and major genes in animal breeding programs (B. Kinghorn'i ja J. van der Werf'i 2000.a. Brasiilia-kursuse loengumaterjalid pdf-formaadis) - http://www-personal.une.edu.au/~jvanderw/brazilcourse.html (autorite kodulehtedelt võib leida veel hulga antud kursuse kontekstiga ühtivaid loengumaterjale).
     

  • Genetic Evaluation and Breeding program design - Lecture notes 2005 (Julius van der Werf, Karen Marshall; University of New England) -
    http://www-personal.une.edu.au/~jvanderw/422TOC.htm.

Lingid (bio)statistikast:


   

 

tanel.kaart@emu.ee
http://www.emu.ee/~ktanel/kool_ja_too/
jaan., 2008