Kui laps sarnaneb isaga, on tegemist pärilikkusega.
Kui ta sarnaneb naabrimehega, on tegemist väliskeskkonna mõjudega.
 Murphy seadus pärilikkuse kohta

Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid

Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]

(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester 2017; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
Üldjutt

Loengud & praktikumid

Eksam Lingid & kirjandus Tarkvara

   

  1. Aeg, koht: 1.02.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus ainesse - aretusprogramm, aretusväärtus. Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1.pdf (tärnita punktid).
     

  2. Aeg, koht: 8.02.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1.pdf (tärnita punktid).
    Praktikumiülesanded: pt_124_naide.xlsx; pt1_prax.pdf (vastuste ja lahenduste õigsust saate soovi korral kontrollida loengumaterjali lõpust).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  3. Aeg, koht: 15.02.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus tõenäosusteooriasse + rakendused geneetikas.
    Loengumaterjal: pt2.pdf .
    Praktikumiülesanded: ülesanne 1 peatükis 2.5 loengumaterjali lõpus.
     

  4. Aeg, koht: 22.02.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus matemaatilisse statistikasse, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine + rakendused aretuses.
    Loengumaterjal: pt2.pdf .
    Praktikumiülesanded: ülesanne 2 peatükis 2.5 loengumaterjali lõpus.
     
  5. Aeg, koht: 1.03.2017. Auditoorset õppetööd ei toimu!
    Sisu:     Loengute asemel külastage konverentsi "Terve loom ja tervislik toit 2017" EMÜ peahoones Kreutzwaldi 1a.

    Konverentsi koduleht
    Registreerimine (tasuta; samas, ega keegi ka registreerimata kuulajaid välja ei viska)
     

  6. Aeg, koht: 8.03.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_prax.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  7. Aeg, koht: 15.03.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  8. Aeg, koht: 22.03.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, aretusväärtus, populatsiooni geneetilised parameetrid; selektsiooniteooria.
    Loengumaterjal: pt4_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  9. Aeg, koht: 29.04.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5.pdf .
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestatavad siit: hobu_index.xls .
     

  10. Aeg, koht: 5.04.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213. (NB! Pärastlõunasel ajal kell 1215-16 auditoorset õppetööd ei toimu, lahendage ise praktikumi ja ka koduseid ülesandeid.)
    Sisu:     Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5.pdf .
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestatavad siit: hobu_index.xls .
     

  11. Aeg, koht: 12.04.2017, 815-10 ja 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksite puudused ja nende ületamine üldiste lineaarsete mudelite abil. Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid. Üldise lineaarse mudeli esitused objektiviisi ja maatrikskujul, plaanimaatriksid.
    Loengumaterjal: pt5.pdf .
     

  12. Aeg, koht: 19.04.2017, 915-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse. Üldise lineaarse mudeli parameetrite hindamine – reparametriseerimine,     BLUE ja BLUP, vähimruutkeskmised, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks. Aretusväärtuste hindamine isa mudelist.
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendage Excelis läbi loengu näiteandmestik:

    • salvestage arvutisse andmestik: GLM_naide_2012k.xls ;
    • konstrueerige täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X, käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena;
    • leidke vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele (b = (XTX)-1XTy ) ja tehke omale selgeks nende tähendus;
    • leidke diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised, võrrelge neid tavaliste aritmeetiliste keskmistega (vt ka näidete lahendust/kommentaare loengumaterjalides);
    • konstrueerige täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena;
    • leidke viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist (võttes päritavuseks h2=0,2); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
       

    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  13. Aeg, koht: teisipäev, 25.04.2017, Kreutzwaldi 62, B-201

    • 12-14 "Farm animal genetic resources management in the UK"– Prof. emer. Stephen Hall
    • 14-15 "Poznan University and animal production in Poland" – Prof. Tomasz Szwaczkowski
    • 15-17 "Conservation of animal genetic resources"– Prof. Tomasz Szwaczkowski

kolmapäev, 26.04.2017 Prof. Tomasz Szwaczkowski (Department of Genetics and Animal Breeding, Poznan University of Life Sciences) loengud

kell 9-12, Kreutzwaldi 62, A-209

  • 9-11 "Statistical modelling of livestock data"
  • 11-12 "Animal breeding in zoological gardens"

kell 13-15, Kreutzwaldi 62, B-132

  • 13-14 "Genetic aspects of feed efficiency in poultry"
  • 14-15 "Globalisation of animal breeding"
  1. Aeg, koht: 3.05.2017, 915-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf .
    Tarkvara: SAMod_1c.xls .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     
  2. Aeg, koht: 10.05.2017, 915-15; Kr. 62, B-213.
    Sisu: Emapoolse efektiga mudelid. Juhuslike regressioonikordajatega mudelid. Marker- ja genoomselektsioon.
    Loengumaterjal:
    Kaart, T. (2001). Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest. Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
    Kaart, T. (2011). Genoomselektsioon – kuidas ja milleks? Tõuloomakasvatus, 14(4), 18 - 20 [mitte eriti õnnestunud korrektuuri järgselt ajakirjas ilmunud artikli asemel soovitan lugeda algset versiooni: genoomselektsioon.pdf]
    Tarkvara: VCE (http://vce.tzv.fal.de/)
    Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali pt71_2010.pdf lõpus.
     
  3. Aeg, koht: 17.05.2017, 915-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevate loomaliikide ja tõugude aretusprogrammid ning reaalne aretus-säilitustegevus (Eestis).

    !!! Ettekanded !!!
     

  • Aeg, koht: 24.05.2017, 1215-16; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Konsultatsioon.
     

  • NB! Iseseisvate ülesannete esitamise tähtaeg: kolmapäev, 31.05.2017 (kõik kodused ülesanded ühe dokumendina: ylesanded_2017.pdf).
     
  • Eksam: 31.05.2017 või 07.06.2017, kell 10 (Kr. 62, B-213).