Kui laps sarnaneb isaga, on tegemist pärilikkusega.
Kui ta sarnaneb naabrimehega, on tegemist väliskeskkonna mõjudega.
 Murphy seadus pärilikkuse kohta

Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid

Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]

(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester 2013; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
Üldjutt

Loengud & praktikumid

Eksam Lingid & kirjandus Tarkvara

   

  1. Aeg, koht: 31.01.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus ainesse - aretusprogramm, aretusväärtus. Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1.pdf (tärnita punktid).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  2. Aeg, koht: 7.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1.pdf (tärnita punktid).
    Praktikumiülesanded: Pt_124_naide.xlsx; pt1_prax.pdf (vastuste ja lahenduste õigsust saate soovi korral kontrollida loengumaterjali lõpust).
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  3. Aeg, koht: 14.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
    Loengumaterjal: pt2.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt 2.5 loengumaterjali lõpus.
     

  4. Aeg, koht: 21.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine. Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient.
    Loengumaterjal: pt2.pdf , pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt 2.5 loengumaterjali lõpus.
     

  5. Aeg, koht: 28.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_prax.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  6. Aeg, koht: 7.03.2012, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  7. Aeg, koht: 14.03.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt3.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt3_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  8. Aeg, koht: 21.03.2013.

     

  9. Aeg, koht: 28.03.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid. Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, aretusväärtus.
    Loengumaterjal: pt3.pdf , pt4_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  10. Aeg, koht: 4.04.2013, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
    Loengumaterjal: pt4_2012.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  11. Aeg, koht: 11.04.2013, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5.pdf .
     

  12. Aeg, koht: 18.04.2013; 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5.pdf .
    Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls .
     

  13. Aeg, koht: 25.04.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
    Sisu: Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid. Üldise lineaarse mudeli esitused objektiviisi ja maatrikskujul, plaanimaatriksid. ÜLM parameetrite hindamine – reparametriseerimine, fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste hindamine (BLUE).
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendage Excelis läbi loengu näiteandmestik:

    • salvestage arvutisse andmestik: GLM_naide_2012k.xls ;
    • konstrueerige täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X, käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena;
    • leidke vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele (b = (XTX)-1XTy ) ja tehke omale selgeks nende tähendus;
    • leidke diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised, võrrelge neid tavaliste aritmeetiliste keskmistega (vt ka näidete lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
       
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  14. Aeg, koht: 2.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks. Aretusväärtuste hindamine isa mudelist.
    Loengumaterjal: pt6_2012.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub loengu näiteülesande lahendamine, andmestik GLM_naide_2012k.xls :

    • konstrueerige täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena;
    • leidke viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist (võttes päritavuseks h2=0,2); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
       
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     
  15. Aeg, koht: 9.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf.
    Tarkvara: SAMod_1c.xls.
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     
  16. Aeg, koht: 16.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
    Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel.
    Loengumaterjal:
    Kaart, T. (2001). Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest. Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
    Kaart, T. (2011). Genoomselektsioon – kuidas ja milleks? Tõuloomakasvatus, 14(4), 18 - 20 [mitte eriti õnnestunud korrektuuri järgselt ajakirjas ilmunud artikli asemel soovitan lugeda algset versiooni: genoomselektsioon.pdf]
    Tarkvara: VCE (http://vce.tzv.fal.de/)
    Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/, http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali pt71_2010.pdf lõpus.
     
  17. Aeg, koht: 23.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12 (Kreutzwaldi 62, B-213).
    Sisu: Erinevate loomaliikide ja tõugude aretusprogrammid ning reaalne aretus-säilitustegevus (Eestis).

    !!! Ettekanded !!!

    Lingid: http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091, http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116, ..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
    (vt "Linkide ja kirjanduse" lehte).
     

  • NB! Iseseisvate ülesannete esitamise tähtaeg: esmaspäev, 27.05.2013 (kõik kodused ülesanded ühe dokumendina: ylesanded_2013.pdf).
     
  • Eksam: 30.05.2013, kell 10 (Kr. 62, B-213).