|
Kreutzwaldi 62, A-213
![](http://ph.emu.ee/~ktanel/email.gif)
|
|
Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]
(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester
2013; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
|
|
|
-
Aeg, koht:
31.01.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Sissejuhatus ainesse - aretusprogramm,
aretusväärtus. Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite
olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal:
pt1.pdf (tärnita punktid).
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
7.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite
olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal:
pt1.pdf (tärnita punktid).
Praktikumiülesanded: Pt_124_naide.xlsx;
pt1_prax.pdf (vastuste ja lahenduste õigsust saate soovi korral kontrollida
loengumaterjali lõpust).
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
14.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline
statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
Loengumaterjal:
pt2.pdf .
Praktikumiülesanded: pt 2.5 loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
21.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Tõenäosusteooria ja matemaatiline
statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient.
Loengumaterjal:
pt2.pdf ,
pt3.pdf .
Praktikumiülesanded: pt 2.5 loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
28.02.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid,
inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende
leidmiseks.
Loengumaterjal:
pt3.pdf .
Praktikumiülesanded:
pt3_prax.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
7.03.2012, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine,
sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal:
pt3.pdf .
Praktikumiülesanded:
pt3_prax.pdf .
Tarkvara: "Pedigree Viewer" --
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed:
pjetraan.ped ,
p00_12pk.ped ,
eesti_hobused.txt .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
14.03.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine,
sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal:
pt3.pdf .
Praktikumiülesanded:
pt3_prax.pdf .
Tarkvara: "Pedigree Viewer" --
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed:
pjetraan.ped ,
p00_12pk.ped ,
eesti_hobused.txt .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
21.03.2013.
![](terve_loom_2013.jpg)
-
Aeg, koht:
28.03.2013, 1015-14; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine,
sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid. Meeldetuletus populatsioonigeneetikast
ja aretusteooriast – geneetiline mudel, aretusväärtus.
Loengumaterjal:
pt3.pdf ,
pt4_2012.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
4.04.2013, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast
ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus
versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline
korrelatsioon, korduvus.
Loengumaterjal:
pt4_2012.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
11.04.2013, 1015-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal:
pt5.pdf .
-
Aeg, koht:
18.04.2013; 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12
(Kr. 62, B-213).
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal:
pt5.pdf .
Praktikumiülesanded: loengumaterjali lõpus.
Tarkvara:
stselind_est.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit:
hobu_index.xls .
-
Aeg, koht:
25.04.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12
(Kr. 62, B-213).
Sisu: Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse
regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi
mudelid. Üldise lineaarse mudeli esitused objektiviisi
ja maatrikskujul, plaanimaatriksid. ÜLM
parameetrite hindamine – reparametriseerimine, fikseeritud
efektide ja vähimruutkeskmiste
hindamine (BLUE).
Loengumaterjal:
pt6_2012.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded:
lahendage Excelis läbi loengu näiteandmestik:
- salvestage arvutisse andmestik:
GLM_naide_2012k.xls ;
- konstrueerige täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks
X, käsitledes kõiki faktoreid
fikseeritutena;
- leidke vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele
(b = (XTX)-1XTy
) ja tehke omale selgeks nende tähendus;
- leidke diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus')
vähimruutkeskmised, võrrelge neid tavaliste aritmeetiliste
keskmistega (vt ka näidete lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
Iseseisvad ülesanded:
ülesanded loengumaterjali lõpus.
-
Aeg,
koht:
2.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107), 1015-12
(Kr. 62, B-213).
Sisu: ÜLM
parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli
võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks
hindamiseks. Aretusväärtuste hindamine isa mudelist.
Loengumaterjal:
pt6_2012.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub
loengu näiteülesande lahendamine, andmestik
GLM_naide_2012k.xls :
- konstrueerige
täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X
ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina
ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena;
- leidke
viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli
võrrandist (võttes päritavuseks h2=0,2);
mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
Iseseisvad
ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
- Aeg,
koht: 9.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62, A-107),
1015-12 (Kr. 62, B-213).
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma
mudelist.
Loengumaterjal:
pt71_2010.pdf.
Tarkvara:
SAMod_1c.xls.
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
- Aeg,
koht: 16.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62,
A-107), 1015-12 (Kr. 62, B-213).
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel
hindamisel.
Loengumaterjal:
Kaart, T. (2001). Ülevaade
geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest.
Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli
Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
Kaart, T. (2011). Genoomselektsioon – kuidas ja milleks? Tõuloomakasvatus,
14(4), 18 - 20 [mitte eriti õnnestunud korrektuuri järgselt
ajakirjas ilmunud artikli asemel soovitan lugeda algset versiooni:
genoomselektsioon.pdf]
Tarkvara: VCE (http://vce.tzv.fal.de/)
Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/,
http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali pt71_2010.pdf lõpus.
- Aeg,
koht: 23.05.2013, 815-10 (Kreutzwaldi 62,
A-107), 1015-12 (Kreutzwaldi 62, B-213).
Sisu: Erinevate loomaliikide ja tõugude
aretusprogrammid ning reaalne aretus-säilitustegevus (Eestis).
!!!
Ettekanded !!!
Lingid:
http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091,
http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116,
..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
(vt "Linkide ja kirjanduse"
lehte).
- NB!
Iseseisvate
ülesannete esitamise tähtaeg: esmaspäev, 27.05.2013
(kõik kodused ülesanded ühe dokumendina: ylesanded_2013.pdf).
- Eksam:
30.05.2013, kell 10 (Kr. 62, B-213).
|
|