Kui laps sarnaneb isaga, on tegemist pärilikkusega.
Kui ta sarnaneb naabrimehega, on tegemist väliskeskkonna mõjudega.
 Murphy seadus pärilikkuse kohta

Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid

Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]

(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester 2011; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
Üldjutt

Loengud & praktikumid

Eksam Lingid & kirjandus Tarkvara

   

  1. Aeg, koht: 31.01.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus ainesse. Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted.
    Loengumaterjal: pt1_2011.pdf (tärnita punktid).
     

  2. Aeg, koht: 2.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1_2011.pdf (tärnita punktid).
    Iseseisvad ülesanded: tärnita ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  3. Aeg, koht: 7.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
    Loengumaterjal: pt1_2011.pdf (tärnita punktid).
    Praktikumiülesanded: pt1_2011_prax.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: tärnita ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  4. Aeg, koht: 9.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Matemaatiline statistika, teoreetilised jaotused, parameetrite hindamine.
    Loengumaterjal: pt2_2011.pdf .
     

  5. Aeg, koht: 14.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
    Loengumaterjal: pt3_2011.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  6. Aeg, koht: 16.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline korrelatsioon, korduvus.
    Loengumaterjal: pt3_2011.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  7. Aeg, koht: 21.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf .
     

  8. Aeg, koht: 23.02.2011. Auditoorset õppetööd ei toimu.
    Sisu:     Triigi kodus lipp ära ja mine suusatama
     

  9. Aeg, koht: 28.02.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf .
     

  10. Aeg, koht: 02.03.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Indiviididevaheline sugulus – suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient, Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf .
     

  11. Aeg, koht: 07.03.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt4_2011_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  12. Aeg, koht: 09.03.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt4_2011_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  13. Aeg, koht: 16.03.2011. Klassis teostatavate ehitustööde tõttu auditoorset õppetööd ei toimu.
    Sisu:     Lahendage ära eelmiste peatükkide iseseisvad ülesanded.
     

  14. Aeg, koht: 17.03.2011. Klassis teostatavate ehitustööde tõttu auditoorset õppetööd ei toimu.
    Sisu:     Lahendage ära eelmiste peatükkide iseseisvad ülesanded.
     

  15. Aeg, koht: 23.03.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid. / Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt4_2011.pdf , pt5_2011.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt4_2011_prax.pdf .
    Tarkvara: "Pedigree Viewer" -- http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
    Andmed: pjetraan.ped , p00_12pk.ped , eesti_hobused.txt .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  16. Aeg, koht: 24.03.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5_2011.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt5 _2011_prax.pdf .
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  17. Aeg, koht: 30.03.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid.
    Loengumaterjal: pt5_2011.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt5_2011_prax.pdf .
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls .
     

  18. Aeg, koht: 31.03.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Selektsiooniindeksid. / Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse.
    Loengumaterjal: pt5_2011.pdf , pt6_2010.pdf .
    Praktikumiülesanded: pt5_2011_prax.pdf .
    Tarkvara: stselind_est.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit: hobu_index.xls .
     

  19. Aeg, koht: 06.04.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Sissejuhatus lineaarsete mudelite teooriasse – regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi mudelid. Üldise lineaarse mudeli esitused objektiviisi ja maatrikskujul, plaanimaatriksid.
    Loengumaterjal: pt6_2010.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada Excelis läbi loengu näiteandmestik;

    • salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide.xls ;
    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X (pt 6.5.3 loengumaterjalides) käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena.
       

  20. Aeg, koht: 07.04.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – reparametriseerimine, fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste hindamine (BLUE).
    Loengumaterjal: pt6_2010.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel korral alustatud ülesande lahendamine:

    • salvesta arvutisse andmestik: GLM_naide.xls ;
    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X (pt 6.5.3 loengumaterjalides) käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;
    • leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele (valem 6.13 – b = (XTX)-1XTy ) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
       

  21. Aeg, koht: 13.04.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Üldine lineaarne mudel.
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja vähimruutkeskmised.
    Loengumaterjal: pt6_2010.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine, andmestik GLM_naide.xls :

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks X käsitledes kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanus jäta mudelist välja;
    • leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele ja diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus') vähimruutkeskmised, võrdle viimaseid tavaliste aritmeetiliste keskmistega (vt ka näidete lahendust/kommentaare loengumaterjalides, pt 6.6.3);
       

  22. Aeg, koht: 14.04.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: ÜLM parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks hindamiseks.
    Loengumaterjal: pt6_2010.pdf .
    Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub varemalt alustatud ülesande lahendamine, andmestik GLM_naide.xls :

    • konstrueeri täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid X ja Z käsitledes isa juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid fikseeritutena (ema vanus jäta üldse välja) – pt 6.7;
    • võta päritavus h2=0,2 ja leia viimase mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist (valem 6.23); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
       

  23. Aeg, koht: 20.04.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Üldine lineaarne mudel.
    Loengumaterjal: pt6_2010.pdf .
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus, andmestik iseseisva ülesande tarvis: GLM_ise.xls .
     

  24. Aeg, koht: 21.04.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf .
    Tarkvara: SAMod_1c.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  25. Aeg, koht: 27.04.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma mudelist.
    Loengumaterjal: pt71_2010.pdf .
    Tarkvara: SAMod_1c.xls
    Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali lõpus.
     

  26. Aeg, koht: 28.04.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel – emapoolse efektiga mudelid, longituudmudelid, mitmemõõtmelised mudelid.
    Loengumaterjal: Kaart, T. (2001). Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest. Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
    Tarkvara: VCE     (http://vce.tzv.fal.de/)
    Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/, http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
     

  27. Aeg, koht: 04.05.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel hindamisel.
    Loengumaterjal: Kaart, T. (2001). Ülevaade geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest. Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
    Tarkvara: VCE     (http://vce.tzv.fal.de/)
    Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/, http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
     

  28. Aeg, koht: 05.05.2011, 915-12; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevate loomaliikide puhul kasutatavad aretusprogrammid.
    Lingid:     http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091, http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116, ..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
     

  29. Aeg, koht: 11.05.2011, 1215-15; Kreutzwaldi 62, B-213.
    Sisu: Erinevate loomaliikide puhul kasutatavad aretusprogrammid. Ettekanded.
    Lingid:     http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091, http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116, ..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
    (vt "Linkide ja kirjanduse" lehte).

  30. Aeg: 18.05.2011.
    Sisu: Koduste tööde esitamise tähtaeg     (kõik kodused ülesanded ühe dokumendina: ylesanded_2011.pdf).