|
Kreutzwaldi 62, A-213
![](http://ph.emu.ee/~ktanel/email.gif)
|
|
Loengukursused -> Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
Loomade aretusväärtuse hindamine ja aretusprogrammid
[Estimation of breeding value and breeding programmes]
(VL.0192; 7 EAP; kevadsemester 2010; E)
EMÜ VLI loomakasvatuse magistrantidele
|
|
|
-
Aeg, koht:
1.02.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite
olemus, tüübid, põhitehted.
Loengumaterjal:
pt1_2010.pdf (tärnita punktid).
-
Aeg, koht:
4.02.2010, 915-11; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite
olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal:
pt1_2010.pdf (tärnita punktid).
Iseseisvad ülesanded: tärnita ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
8.02.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Sissejuhatus maatriksalgebrasse - maatriksite
olemus, tüübid, põhitehted; maatriksoperatsioonid MS Excelis.
Loengumaterjal:
pt1_2010.pdf (tärnita punktid).
Iseseisvad ülesanded: tärnita ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
11.02.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Matemaatiline statistika, teoreetilised
jaotused, parameetrite hindamine.
Loengumaterjal:
pt2_2010.pdf .
-
Aeg, koht:
15.02.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Meeldetuletus populatsioonigeneetikast
ja aretusteooriast – geneetiline mudel, geneetiline väärtus
versus aretusväärtus, päritavus, geneetiline
korrelatsioon, korduvus.
Loengumaterjal:
pt3_2010.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
18.02.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Indiviididevaheline sugulus – Malecot'i
ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient,
Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks.
Loengumaterjal:
pt4_2010.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
22.02.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Indiviididevaheline sugulus – Malecot'i
ja Wright’i suguluskoefitsiendid, inbriidingukoefitsient,
Wright'i ja Hendersoni meetodid nende leidmiseks. Põlvnemisandmed
ja nende haldamine, sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal:
pt4_2010.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
Tarkvara: "Pedigree Viewer" --
http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed:
eesti_hobused.txt .
-
Aeg, koht:
25.02.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Põlvnemisandmed ja nende haldamine,
sugulus- ja inbriidingukoefitsiendid.
Loengumaterjal:
pt4_2010.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
Tarkvara: "Pedigree Viewer" --
http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm
Andmed:
pjetraan.ped ,
p00_12pk.ped ,
eesti_hobused.txt .
-
Aeg, koht:
1.03.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal:
pt5_2010.pdf .
-
Aeg, koht:
4.03.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal:
pt5_2010.pdf .
Tarkvara:
stselind_est.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
8.03.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Selektsiooniindeksid.
Loengumaterjal:
pt5_2010.pdf .
Tarkvara:
stselind_est.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus, andmed Exceli tabelina on salvestavad siit:
hobu_index.xls .
-
Aeg, koht:
11.03.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Ülevaade lineaarsete mudelite teooriast
regressioon-, dispersioon- ja kovariatsioonanalüüsi
mudelid, fikseeritud ja juhuslikud efektid ning mudelid. Üldise
lineaarse mudeli esitused objektiviisi ja maatrikskujul, plaanimaatriksid.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
-
Aeg, koht: 15.03.2010, 915-12;
Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Mudelite
keskväärtused ja kovariatsioonistruktuur. Reparametriseerimine.
Fikseeritud efektide ja vähimruutkeskmiste
hindamine.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded: lahendada
Excelis läbi loengu näiteandmestik;
- salvesta arvutisse andmestik:
GLM_naide.xls ;
- konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks
X (pt 6.5.3 loengumaterjalides) käsitledes
kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;
- leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele
(valem 6.13 – b = (XTX)-1XTy
) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite
lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
-
Aeg, koht: 18.03.2010, 915-11(12);
Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: ÜLM
parameetrite hindamine – BLUE.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub
eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine:
- salvesta arvutisse andmestik:
GLM_naide.xls ;
- konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks
X (pt 6.5.3 loengumaterjalides) käsitledes
kõiki faktoreid fikseeritutena ja ema vanust diskreetsena;
- leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele
(valem 6.13 – b = (XTX)-1XTy
) ja tee omale selgeks nende tähendus (vt ka näite
lahendust/kommentaare loengumaterjalides).
-
Aeg, koht: 22.03.2010, 915-12;
Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Üldine lineaarne mudel.
Sisu: ÜLM
parameetrite hindamine – BLUE ja vähimruutkeskmised.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub
eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine, andmestik
GLM_naide.xls :
- konstrueeri täisastakuga mudelile vastav plaanimaatriks
X käsitledes kõiki faktoreid
fikseeritutena ja ema vanus jäta mudelist välja;
- leia vähimruutude hinnangud mudeli parameetritele
ja diskreetsete faktorite ('sugu', 'isa' ja 'psk suurus')
vähimruutkeskmised (vt ka näidete lahendust/kommentaare
loengumaterjalides, pt 6.6.3);
-
Aeg, koht:
25.03.2010.
Auditoorset õppetööd ei toimu.
-
Aeg, koht: 29.03.2010, 915-12;
Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: ÜLM
parameetrite hindamine – BLUE ja BLUP, Hendersoni segamudeli
võrrand fikseeritud ja juhuslike efektide samaaegseks
hindamiseks.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
Praktikumi materjal ja ülesanded: jätkub
eelmisel nädalal alustatud ülesande lahendamine, andmestik
GLM_naide.xls :
- konstrueeri täisastakuga mudelile vastavad plaanimaatriksid
X ja Z käsitledes isa
juhusliku faktorina ja ülejäänud faktoreid
fikseeritutena (ema vanus jäta üldse välja)
– pt 6.7;
- võta päritavus h2=0,2 ja leia viimase
mudeli parameetrite hinnangud Hendersoni segamudeli võrrandist
(valem 6.23); mida kujutavad enesest isade mõjude hinnangud?
-
Aeg, koht:
1.04.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Üldine lineaarne mudel.
Loengumaterjal:
pt6_2010.pdf .
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus, andmestik iseseisva ülesande tarvis:
GLM_ise.xls .
-
Aeg, koht:
5.04.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma
mudelist.
Loengumaterjal:
pt71_2010.pdf .
Tarkvara:
SAMod_1c.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
8.04.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Aretusväärtuste hindamine isa ja looma
mudelist.
Loengumaterjal:
pt71_2010.pdf .
Tarkvara:
SAMod_1c.xls
Iseseisvad ülesanded: ülesanded loengumaterjali
lõpus.
-
Aeg, koht:
12.04.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel
hindamisel – emapoolse efektiga mudelid, longituudmudelid, mitmemõõtmelised
mudelid.
Loengumaterjal: Kaart, T. (2001). Ülevaade
geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest.
Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli
Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
Tarkvara: VCE (http://vce.tzv.fal.de/)
Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/,
http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
-
Aeg, koht:
15.04.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Erinevaid mudeleid loomade geneetilisel
hindamisel.
Loengumaterjal: Kaart, T. (2001). Ülevaade
geneetiliste parameetrite hindamisel kasutatavatest mudelitest.
Rmt.: Lokk, E. (toim.). Eesti Põllumajandusülikooli
Loomakasvatusinstituudi teadustöid 71, Tartu, 52 - 66.
Tarkvara: VCE (http://vce.tzv.fal.de/)
Andmed ja programmid: http://www.eau.ee/~ktanel/kool_ja_too/LKI_1_2608/vce/,
http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/esthobu/
-
Aeg, koht:
19.04.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Erinevate loomaliikide puhul kasutatavad
aretusprogrammid.
Lingid: http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=1091,
http://www.jkkeskus.ee/page.php?page=0116,
..., http://www-interbull.slu.se/national_ges_info2/framesida-ges.htm
-
Aeg, koht:
22.04.2010, auditoorset
õppetööd ei toimu.
Sisu: Selektsiooni edu hindamine ja seda mõjutavad
tegurid, sh sõltuvus aretusprogrammist. Erinevate loomaliikide
puhul kasutatavad aretusprogrammid.
Loengumaterjal: http://www.eau.ee/~ktanel/VL_0192/aretuspr_einarorgmets2004
(lugege ise)
-
Aeg, koht:
26.04.2010, 915-12; Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Ettekanded (saksa bokser, eesti hagijas,
eesti sporthobune, ...).
Püüdke mulle hiljemalt 19.-ks
aprilliks teada anda, kes mis teemal ettekande teeb!
-
Aeg, koht:
29.04.2010, 915-11(12); Kreutzwaldi 62, B216.
Sisu: Ettekanded (tori hobune, soome doberman,
simmentali tõugu lihaveis, ...)
-
Aeg, koht:
3.05.2010.
Koduste ülesannete esitamise tähtaeg!
Kõik kodused ülesanded ühe dokumendina:
ylesanded_2010.pdf
-
Aeg, koht:
10.05.2010, 915-12; Kreutzwaldi 1, 119.
! Eksam
!
|
|