|
Kreutzwaldi 62, A-213
![](http://ph.emu.ee/~ktanel/email.gif)
|
|
Loengukursused -> Geenitehnoloogia statistilised mudelid
Geenitehnoloogia statistilised mudelid
[Statistical Models in Gene Technology]
(MTMS.01.067; 3 EAP; kevadsemester; A)
TÜ MSI kraadiõppuritele ja teistele asjast huvitatutele
|
-----
Annotatsioon -----
Kursus annab ülevaate
klassikalistest genotüübi ja fenotüübi vaheliste seoste uurimisel
kasutatavatest meetoditest.
Põhipunktid: geenide kaardistamine ja üksikute geenide mõjude
hindamine, segregatsioon- ja aheldusanalüüs, assotsiatsiooniuuringud.
-----
Loengute kava ja materjalid -----
|
Loeng |
Teema |
Materjalid |
|
1. |
Sissejuhatus;
mõisteid, fakte ja seadusi geneetikast |
loeng_01_2010.pdf |
2. |
Klassikaline
segregatsioonanalüüs; Hardy-Weinbergi seadus |
loeng_02_1_2012.pdf |
3.-4. |
Biomeetriline
geneetika; kompleksne segregatsioonanalüüs
Lisaks: biomeetrilise geneetika seminari
päritavuskoefitsiendi hindamise alase ettekande slaidid:
statgenseminar_28012011_TKaart.pdf |
loeng_02_2_2010.pdf |
5.-6. |
Geenide aheldus,
ristsiirde sagedus, geneetiline kaart |
loeng_03_1_2012.pdf |
7.-10. |
Aheldusanalüüsi
olemus. Klassikaline parameetriline aheldusanalüüs. Elston-Stuart'i
algoritm
(kui jõuan, siis täiendan loengumaterjali,
aga lubada ei julge :( |
loeng_03_2_2019.pdf |
11.-12. |
Aheldusanalüüs
kvantitatiivsete tunnuste korral (QTL) |
loeng_03_3_2010.pdf |
13. |
Mitteparameetriline
aheldusanalüüs |
|
14.-15. |
Alleelide assotsiatsioon
ja ahelduse mittetasakaalulisus; assotsiatsioonanalüüs
fikseeritud katseplaanide korral |
|
16. |
... |
|
|
----- Arvestus -----
Arvestuse
saamiseks tuleb lahendada loenguis antavad kodused ülesanded (vähemalt
7 tk 9-st).
- Kodused
ülesanded ja ettekannete teemad:
Ülesanded 2019.pdf
Lahendused tuleks toimetada Liivi 2 viiendale korrusele MSI
kantseleisse või saata mulle meili peale hiljemalt 12.
aprilliks (k.a.).
Ettekannete teemad 2019.pdf
-----
Kirjandus
-----
-
P. Sham. 1998.
Statistics in human genetics. Arnold, London (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0340662417/qid=98390113
1/sr=1-4/ref=sc_b_4/107-4077555-9751754).
Esmase ülevaate saamiseks parim, mis "geenijahtimisel"
kasutatavate statistika meetodite kohta kirjutatud (va. mõned
loengukonspektid) -- kolm suurt alalõiku: segregatsioonanalüüs,
aheldusanalüüs, assotsiatsiooniuuringud (kokku 290 lk.). Samas
on matemaatika osa üsna tagasihoidlik, raamat annab pigem
ülevaate erinevatest haigestumist või ravile allumist mõjutavate
geenide tuvastamise meetoditest ja põhiideedest, plusspoolele
tuleks kanda ka hulk praktilisi näiteid.
- J. Ott. 1999. Analysis of
human genetic linkage, 3rd edition. Johns Hopkins University
Press, Baltimore (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0801861403/ref=sim_book
s/107-4077555-9751754.
Palju kiidetud raamat, minu arust sobiv rohkem bioloogile/geneetikule/arstile,
palju kommentaare ja selgitusi ning suht. vähe matemaatikat.
Käsitleb põhiliselt jällegi vaid meditsiinigeneetika statistilisi
meetodeid.
- K. Lange. 1997. Mathematical
and statistical methods for genetic analysis. Springer-Verlag,
New York (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0387949097/ref=pd_sim_el
t_l1/107-4077555-9751754).
Ülesehitatud pigem matemaatiliste meetodite järgi (erinevad
hindamismeetodid ja algoritmid, Markovi ahelad, Poissoni protsessid
jne), tuues iga meetodi juurde rakendusi erinevatest geneetika
valdkondadest. Et oma suhteliselt väikese mahu (265 lk.) juures
püüab kajastada võimalikult paljusid geneetika (populatsiooni-,
evolutsiooni-, molekulaargeneetika) valdkondi, ei ole üheski
valdkonnas sügavustesse minek mõeldavgi. PS. Kusagilt jäi silma,
et sellest raamatust on ilmunud ka uus, eelnevast ~80 lk jagu
mahukam versioon.
- M. Lynch, B. Walsh. 1998. Genetics
and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer Associates,
Inc.
http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html
Väga põhjalik (980 lk) ja hea raamat (nagu veebisaitki), osaliselt
loomakasvatuse (aretuse) suunitlusega, aga noh, eks see geneetika
käi nii lehmal kui ka inimesel sarnaselt. Sisaldab piisavalt
materjali nii matemaatikule kui ka bioloogile. Võrreldes eelnevalt
toodud raamatutega on märksa suurem populatsioonigeneetika osa
(mõnes mõttes justkui Teinbergi "Põllumajandusloomade geneetika"
kaasajastatud ja täiendatud väljalase).
- Weir, B. S. 1996. Genetic
Data Analysis II. Sinauer Associates, Sunderland, MA.
"Geenijahtimise" osas mitte nii põhjalik, kui Sham'i
või Ott'i raamatud, küll aga annab hea ülevaate evolutsioonigeneetikas
kasutatavatest meetoditest (mida eelnevates raamatutes polegi).
- Weller, J. I. 2001. Quantitative
Trait Loci Analysis in Animals. CAB International.
Nagu nimigi ütleb, käsitleb raamat just QTL-ide tuvastamise
ja nende mõjude hindamisega seotud probleeme ning on suunatud
eelkõige põllumajandusloomade aretusega tegelevatele inimisetele
- aga jällegi, et geenid on nii lehmal kui ka inimesel sarnased,
sobib raamat (või vähemalt enamus selle peatükke) QTL-de leidmiseks
kasutatavate statistikameetoditega tutvumiseks kõigile huvilistele.
Matemaatika osa eriti põhjalik ei ole, küll aga eeldavad osad
peatükid näiteks dispersioonanalüüsi segamudelite teooriaga
kursis olemist.
- Broman, K. W. 1997. Identifying
quantitative trait loci in experimental crosses. Dissertation.
University of California, Berkeley.
Hea kirjutis saamaks ülevaadet peamistest eksperimentaalsetest
ristamisskeemidest ja kaasnevatest statistika meetoditest, mida
kasutatakse üksikute märkimisväärse mõjuga geenide leidmiseks.
-----
Lingid -----
Lingid geneetikast:
Lingid
statistilisest geneetikast:
-
Almgren,
Bendahl, Bengtsson, Hössjer and Perfekt (Centre for Mathematical
Sciences, Lund University, 2001). Statistics in Genetics.
Lecture Notes -
http://www.maths.lth.se/matstat/kurser/statgen/,
-
Karl W Broman, Associate Professor, Department of Biostatistics,
Bloomberg School of Public Health, Johns Hopkins University
(kõiksugused loengumaterjalid jm) -
http://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/,
-
Identifying and incorporating genetic markers and major genes
in animal breeding programs (B. Kinghorn'i ja J. van der Werf'i
2000.a. Brasiilia-kursuse loengumaterjalid pdf-formaadis) -
http://www-personal.une.edu.au/~jvanderw/brazilcourse.html,
-
Genetics and Analysis of Quantitative Traits (M. Lynch'i ja
B. Walsh'i suurepärasele raamatule lisaks koostatud lehekülg,
sisaldab loengumaterjale, ülesandeid, linke) - http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html,
-
Statistical Genetics, with a focus on Animal and Plant Breeding,
Wyman Nyquist, Purdue University (väga põhjalik populatsioonigeneetika
ja statistika alane loengumaterjal) -
http://nitro.biosci.arizona.edu/nyquist/nyquist.html,
-
Stephen D. Kachman, Associate Professor Department of Biometry,
Institute of Agriculture and Natural Resources, University of
Nebraska (põhjalikud loengumaterjalid lineaarsetest (sega)mudelitest,
statistilisest genoomikast, statistikameetoditest bioinformaatikas
jne.) -
http://statistics.unl.edu/faculty/steve/index.shtml,
-
Notes on population genetics, Kent Holsinger, University of
Connecticut -
http://darwin.eeb.uconn.edu/eeb348/lecture-notes/notes.html,
-
....
Lingid
(bio)statistikast:
Lingid
bioinformaatikast:
|
|