Geneetikateadus Kettal jooksis rappa juba varases staadiumis, kui võlurid püüdsid eksperimendi teel ristata selliseid tuntud subjekte nagu äädikakärbes ja magus hernes. Paraku ei suutnud nad põhitõdesid täiel määral mõista ning katse tulemus - mingisugune pinisev ja roheline oataoline asi - elas lühikese kurva elu, enne kui mööduv ämblik selle ära sõi.

Terry Pratchett "Ürgsorts"

Loengukursused -> Geenitehnoloogia statistilised mudelid

Geenitehnoloogia statistilised mudelid
[Statistical Models in Gene Technology]

(MTMS.01.067; 3 EAP; kevadsemester; A)
TÜ MSI kraadiõppuritele ja teistele asjast huvitatutele

-----    Annotatsioon    -----

Kursus annab ülevaate klassikalistest genotüübi ja fenotüübi vaheliste seoste uurimisel kasutatavatest meetoditest.
Põhipunktid: geenide kaardistamine ja üksikute geenide mõjude hindamine, segregatsioon- ja aheldusanalüüs, assotsiatsiooniuuringud.
  

   
-----    Loengute kava ja materjalid    -----
Loeng Teema Materjalid
1. Sissejuhatus; mõisteid, fakte ja seadusi geneetikast loeng_01_2010.pdf
2. Klassikaline segregatsioonanalüüs; Hardy-Weinbergi seadus loeng_02_1_2012.pdf
3.-4. Biomeetriline geneetika; kompleksne segregatsioonanalüüs
Lisaks: biomeetrilise geneetika seminari päritavuskoefitsiendi hindamise alase ettekande slaidid: statgenseminar_28012011_TKaart.pdf		 loeng_02_2_2010.pdf
5.-6. Geenide aheldus, ristsiirde sagedus, geneetiline kaart loeng_03_1_2012.pdf
7.-10. Aheldusanalüüsi olemus. Klassikaline parameetriline aheldusanalüüs. Elston-Stuart'i algoritm
(kui jõuan, siis täiendan loengumaterjali, aga lubada ei julge :(		 loeng_03_2_2019.pdf
11.-12. Aheldusanalüüs kvantitatiivsete tunnuste korral (QTL) loeng_03_3_2010.pdf
13. Mitteparameetriline aheldusanalüüs  
14.-15. Alleelide assotsiatsioon ja ahelduse mittetasakaalulisus; assotsiatsioonanalüüs fikseeritud katseplaanide korral  
16. ... 

  
-----    Arvestus    -----

Arvestuse saamiseks tuleb lahendada loenguis antavad kodused ülesanded (vähemalt 7 tk 9-st).

  • Kodused ülesanded ja ettekannete teemad:
     
    Ülesanded 2019.pdf
    Lahendused tuleks toimetada Liivi 2 viiendale korrusele MSI kantseleisse või saata mulle meili peale hiljemalt 12. aprilliks (k.a.).
     
    Ettekannete teemad 2019.pdf
     
      
    -----    Kirjandus    -----

  • P. Sham. 1998. Statistics in human genetics. Arnold, London (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0340662417/qid=98390113 1/sr=1-4/ref=sc_b_4/107-4077555-9751754).
    Esmase ülevaate saamiseks parim, mis "geenijahtimisel" kasutatavate statistika meetodite kohta kirjutatud (va. mõned loengukonspektid) -- kolm suurt alalõiku: segregatsioonanalüüs, aheldusanalüüs, assotsiatsiooniuuringud (kokku 290 lk.). Samas on matemaatika osa üsna tagasihoidlik, raamat annab pigem ülevaate erinevatest haigestumist või ravile allumist mõjutavate geenide tuvastamise meetoditest ja põhiideedest, plusspoolele tuleks kanda ka hulk praktilisi näiteid.
     

  • J. Ott. 1999. Analysis of human genetic linkage, 3rd edition. Johns Hopkins University Press, Baltimore (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0801861403/ref=sim_book s/107-4077555-9751754.
    Palju kiidetud raamat, minu arust sobiv rohkem bioloogile/geneetikule/arstile, palju kommentaare ja selgitusi ning suht. vähe matemaatikat. Käsitleb põhiliselt jällegi vaid meditsiinigeneetika statistilisi meetodeid.
     
  • K. Lange. 1997. Mathematical and statistical methods for genetic analysis. Springer-Verlag, New York (http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0387949097/ref=pd_sim_el t_l1/107-4077555-9751754).
    Ülesehitatud pigem matemaatiliste meetodite järgi (erinevad hindamismeetodid ja algoritmid, Markovi ahelad, Poissoni protsessid jne), tuues iga meetodi juurde rakendusi erinevatest geneetika valdkondadest. Et oma suhteliselt väikese mahu (265 lk.) juures püüab kajastada võimalikult paljusid geneetika (populatsiooni-, evolutsiooni-, molekulaargeneetika) valdkondi, ei ole üheski valdkonnas sügavustesse minek mõeldavgi. PS. Kusagilt jäi silma, et sellest raamatust on ilmunud ka uus, eelnevast ~80 lk jagu mahukam versioon.
     
  • M. Lynch, B. Walsh. 1998. Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer Associates, Inc. http://nitro.biosci.arizona.edu/zbook/book.html
    Väga põhjalik (980 lk) ja hea raamat (nagu veebisaitki), osaliselt loomakasvatuse (aretuse) suunitlusega, aga noh, eks see geneetika käi nii lehmal kui ka inimesel sarnaselt. Sisaldab piisavalt materjali nii matemaatikule kui ka bioloogile. Võrreldes eelnevalt toodud raamatutega on märksa suurem populatsioonigeneetika osa (mõnes mõttes justkui Teinbergi "Põllumajandusloomade geneetika" kaasajastatud ja täiendatud väljalase).
     
  • Weir, B. S. 1996. Genetic Data Analysis II. Sinauer Associates, Sunderland, MA.
    "Geenijahtimise" osas mitte nii põhjalik, kui Sham'i või Ott'i raamatud, küll aga annab hea ülevaate evolutsioonigeneetikas kasutatavatest meetoditest (mida eelnevates raamatutes polegi).
     
  • Weller, J. I. 2001. Quantitative Trait Loci Analysis in Animals. CAB International.
    Nagu nimigi ütleb, käsitleb raamat just QTL-ide tuvastamise ja nende mõjude hindamisega seotud probleeme ning on suunatud eelkõige põllumajandusloomade aretusega tegelevatele inimisetele - aga jällegi, et geenid on nii lehmal kui ka inimesel sarnased, sobib raamat (või vähemalt enamus selle peatükke) QTL-de leidmiseks kasutatavate statistikameetoditega tutvumiseks kõigile huvilistele. Matemaatika osa eriti põhjalik ei ole, küll aga eeldavad osad peatükid näiteks dispersioonanalüüsi segamudelite teooriaga kursis olemist.
     
  • Broman, K. W. 1997. Identifying quantitative trait loci in experimental crosses. Dissertation. University of California, Berkeley.
    Hea kirjutis saamaks ülevaadet peamistest eksperimentaalsetest ristamisskeemidest ja kaasnevatest statistika meetoditest, mida kasutatakse üksikute märkimisväärse mõjuga geenide leidmiseks.

     
-----    Lingid    -----

Lingid geneetikast:

Lingid statistilisest geneetikast:

Lingid (bio)statistikast:

Lingid bioinformaatikast: