"Significant (P < 10e-12) improvements to this work resulted from the reviewers' comments."

Perez-Enciso M. In silico study of transcriptome genetic variation in outbred populations.
Genetics. 2004 Jan;166(1):547-54.

Loengukursused -> Matemaatiline statistika ja modelleerimine


Matemaatiline statistika ja modelleerimine
[Mathematical statistics and modelling]

(DK.0007; 5 EAP; kevad; E)
EMÜ Doktorikool


Üldinfo Loengud

Praktikumid

Eksam Lingid

PRAKTIKUMID

Praktikum 1.   [ 7. veebruar, 2012 ]
Kirjeldav statistika, andmehaldus ja joonised MS Exceli vahenditega.

Tööjuhend: DK_praks1.pdf
Praktikumis analüüsitav andmestik: kalad.xlsx (sama fail Excel 2003 formaadis: kalad.xls)

Excel 2007/2010 abi:

Praktikum 2.   [ 14. veebruar, 2012 ]
Sissejuhatus R-i. Kirjeldav statistika ja joonised R-s. Kahe grupi võrdlus R-s.

    R-programmist esmase ülevaate saamiseks soovitan lugeda materjali http://www.ms.ut.ee/mart/biomeetria2011/praks1.pdf (lehekülgedel 1-4 ja 10-11 kirjeldatud käske püüdke ka ise R-i skripti-aknasse sisestada ja käivitada).
    Analoogne info (ja kohati põhjalikumgi) on inglisekeelsena leitav järgneva juhendi lehekülgedelt 1-13 (http://www.eau.ee/~ktanel/DK_0007/DK_prax21.pdf). Soovitan ka seal kirjutatust silmad üle lasta ning püüda mõningaid käske R-s rakendada.

    Edasine praktikumijuhend: DK_praks22.txt ,
    on tekstifail R-i skripti kujul, salvestage see ära ja avage otse R-s (Fail -> Open Script ...). Täitke sealseid käske järkjärgult, lisades soovi korral enesele täiendavaid kommentaare ja täiendades programmi lisaanalüüside jaoks vajalike käskudega.
    Peale töö lõppu on mõttekas täiendatud skript jälle ära salvestada.

    Praktikumis analüüsitav andmestik: studentsR.xls

Praktikum 3.   [ 21. veebruar, 2012 ]
R-i lisapakett Rcmdr. Kirjeldav statistika ja joonised; kahe grupi võrdlus.

Tööjuhendid: DK_praks3.pdf
Praktikumis analüüsitavad andmestikud: studentsR.xls

Lisaks: Rcmdr_mooduli_install.pdf
http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/Getting-Started-with-the-Rcmdr.pdf

Praktikum 4.   [ 28. veebruar, 2012 ]
Tunnuste vaheliste seoste analüüs R-s (sagedustabelid, korrelatsioon- ja regressioonanalüüs).

Tööjuhend: DK_praks4.pdf
Praktikumis analüüsitav andmestik: studentsR.xls

Lisaks (kel aega ja huvi on): kahe grupi võrdlus, korrelatsioon- ja regressioonanalüüs ning tingimusvormindamine MS Excelis.
Tööjuhend: DK_praks4_lisa.pdf (võite ka lihtsalt silmad üle lasta, et kas on miskit kasulikku, mida läbi proovida)
NB! Tööjuhend on Excel 2003 baasil, rakendatavates funktsioonides eriti vahet pole, küll on tingimusvormindamise rakendamine Excel 2003-s ja 2007/2010-s pealtnäha erinev ...

Praktikum 5.   [ 6. märts, 2012 ]
Dispersioonanalüüs. Testid ja lineaarsed mudelid R-s.

Tööjuhend: DK_praks5.pdf
Praktikumis analüüsitavad andmestikud: studentsR.xls , kala.xls

Praktikum 6.   [ 13. märts, 2012 ]
Segamudelid R-s.

Tööjuhend: DK_praks6.pdf
Praktikumis analüüsitavad andmestikud: saagikus.rda , vasikas.xls

Praktikum 7.   [ 20. märts, 2012 ]
Logistiline regressioon jmt.

Tööjuhend: DK_praks7.pdf
Praktikumis analüüsitav andmestik: puud.rda

Praktikum 8.   [ 27. märts, 2012 ]
Peakomponentanalüüs. Klasteranalüüs.

Tööjuhend: DK_praks8.pdf
Praktikumis analüüsitav andmestik: puud.rda